Al mismo tiempo, se inician importantes transformaciones legales. De acuerdo a la
Ley de Situación Militar D.L. 752, el Presidente asumió facultad de designar a los
Comandantes Generales de cada Instituto, señalando incluso el tiempo de su
permanencia. En aplicación de tal decreto, se prorrogó el mandato de los
Comandantes Generales del Ejército, la Marina y la Aviación, más allá de los límites
de sus años de servicios. La Presidencia del Comando Conjunto de las Fuerzas
Armadas dejó de ser rotativa, quedando su designación en manos del Presidente
quien, al mismo tiempo, tenía la facultad de aprobar o no la renovación de los
generales y almirantes a propuesta de los Comandantes Generales respectivos.
La Ley del Sistema de Inteligencia Nacional (Decreto Ley 25635) promulgada el 21
de julio de 1992, unificó todos los organismos de inteligencia bajo la dirección central
y rectora del Servicio de Inteligencia Nacional, controlado en la práctica por
Vladimiro Montesinos Torres. Sin embargo, éste no actuó autónomamente, ya que el
mencionado Decreto Ley explicitó la subordinación del Sistema de Inteligencia y del
SIN al Presidente de la República, de quien dependen, para quien producen la
información de inteligencia y de cuyas determinaciones de criterios y políticas
depende su actuación. (Art. 2°, 7°, 12°).
La modificación del Sistema de Defensa Nacional (Decreto Legislativo 743°
promulgado el 08 de noviembre de 1991, restituyó el Consejo de Defensa Nacional
como el más alto órgano de decisión de dicho Sistema, que bajo la dirección del
Presidente de la República establece la política que orienta la conducción de la
defensa nacional.
El Consejo de Defensa Nacional está integrado por miembros natos y miembros
eventuales. Son miembros natos además del Presidente de la República, el
Presidente del Consejo de Ministros, el Ministro de Relaciones Exteriores, el Ministro
del Interior, el Ministro de Defensa, el Ministro de Economía y Finanzas, el
Presidente del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, el Jefe del Servicio de
Inteligencia Nacional y el Jefe de la Secretaría de Defensa Nacional. Los miembros
eventuales son los Comandantes Generales del Ejército, la Marina de Guerra y la
Fuerza Aérea del Perú, el Director de la Policía Nacional, el Jefe del Instituto
Nacional de Planificación y el Jefe del Instituto Nacional de Defensa Civil. Aún
cuando los miembros eventuales sólo tienen derecho a voz, los testimonios
recogidos por la Comisión demuestran que el funcionamiento y las decisiones
adoptadas estaban controladas por los militares y que el ex asesor presidencial
Vladimiro Montesinos tenía un rol definitivo en los acuerdos adoptados.
Elementos adicionales para ilustrar las prerrogativas otorgadas a las Fuerzas
Armadas en este período, son las normas que confieren competencias al Fuero
Privativo Militar para el juzgamiento de civiles y las potestades otorgadas a los
Comandos Políticos- Militares de las zonas de emergencia, a quienes se confirió
facultad para conducir las acciones de desarrollo en las zonas bajo su jurisdicción
para lo cual, los gobiernos locales y las autoridades políticas debían poner a su
disposición los recursos económicos y financieros.
Asimismo, en el caso de investigación sobre eventuales transgresiones de los
derechos humanos por los mandos militares, el Congreso sólo podía llamar a sus
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